凹果豆蔻是散孔材，管孔肉眼下可见，略少，大小用中等，单管孔及径列复管孔（2个），含侵填体。轴向薄壁组织放大镜下明显，轮界状及疏环管状。木射线放大镜下明显，略密，窄。内皮斜削面常见黄白相间的花纹， 石细胞发达，层状排列明显。轴向薄壁组织轮界状及疏环管状，材质与丛花蔻略相似，但略重些。    

丛花蔻是散孔材，管孔肉眼下可见，少而略大，单管孔及径列复管孔（2~3个），具侵填体。轴向薄壁组织放大镜下可见，疏环管状，木射线放大镜下明显，密度中，窄。韧皮纤维发达，可撕成层片状。原木端面易开裂，木材轴向薄壁组织肉眼难见，新切面具难闻气味，易与凹果豆蔻（Coelocaryon preussii）相混淆。